实施过程中的二次开发，以及实施后系统的维护和升级是很多企业头疼的问题。
关于系统维护和升级
对于中小企业来说，由于企业规模比骄小，产品相对单一，业务流程也相对稳定，ERP实施以后，软件公司通常会采取外包的方式来实现对其系统的日常维护、升级、数据转换以及模块添加等，除非出现重大问题才会派出原软件公司的IT人员。软件公司在实施ERP系统以后，出于成本和技术资源考虑对中小企业客户的系统维护工作采取外包方式是可以理解的。但是从企业的角度出发，这样的局面是不利的。
关于二次开发
一般来说，代码级二次开发主要有以下三个方面的风险：
1.易造成系统的不稳定或崩溃。ERP系统是个错综复杂的系统，各个模块是个**的整体。若要修改其中的一个功能，其影响的不单单是现在这个功能，还可能影响到其他功能。目前实施顾问一般对ERP代码级二次开发的一个观点是：能不做就不要做。因为ERP系统就像人的血脉那样错综复杂，在二次开发的时候，如果因为增加的用户个性化功能触动了ERP原有的大动脉，否则会大大影响其整个性能，并且开发、调试的费用也是非常吓人的。
2.严重影响项目实施周期。代码级二次开发的时间短则几天，长则半月、一月，甚至也可能长达几个月，很*延误项目实施进程。
3.后续维护和升级风险大。改动软件后还会影响以后的软件版本升级。如果不升级,新版本的长处无法应用。如果升级,则面临着重新进行二次开发的可能。因为ERP软件供应商在进行新版本的ERP系统开发时,可能根本不会考虑某个特定的用户在旧版本上所作的二次开发。因此,在进行二次开发前,要做认真的分析对比。究竟是修改软件,还是改革现行管理程序，还是两者都作一些修改，对修改的必要性、效果和代价要心中有数。
把握二次开发的原则很重要
1.在观念认识上，企业在强调用户自身的特点同时，也应该考虑ERP的通用性，并且对于一些非技术的细枝末叶像表格格式之类不要过分纠缠，而应该将放在软件的流程管理和设计上。ERP软件中的管理流程是从许多企业中提炼出来的，具有**性和合理性。许多用户的特殊之处都是由于流程自身的不合理产生的，应该通过ERP的实施，对企业进行业务流程优化或重组，而不是一味修改软件以适应不合理的流程。
2.当需要二次开发时，实施顾问和开发顾问应该要严格遵守不修改**代码这一条基本原则。如果必须进行二次开发，则应尽量使得二次开发做出的功能模块独立于原来的ERP系统。这样当ERP系统版本较新时，二次开发出来的模块*修改或者只需较少的修改就可以应用于高版本的ERP系统。
3.二次开发的需求必须控制好，尽量不要在ERP系统的功能还没有充分了解是否配合用户管理需求之前就进行二次开发。因为业务流程并不是一成不变的，ERP软件中流程一般比较抽象，大的方面与用户业务流程通常可以套上，细节部分不作修改也可以。同时，ERP软件不是给一个人用的，每个用户都可能有自己想法，不可能都满足的。部分要服从大局。项目按时、按预算完成实施，上线运行是实施阶段的大局，哪些二次开发必须要做，哪些可以不做，要看会不会影响大局。
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